在养鱼时如果鱼池不做水质处理就会有很多问题,例如鱼池经常会出现水质发绿、池水发臭、水质浑浊、水色发黑等现象，这样就会影响鱼池中鱼儿的生长，甚至很多鱼池会出现鱼儿总是死亡的现象，其实鱼池水质变坏的本质原因是鱼池中的藻类和菌类微生物种群数量发生了失衡。鱼池中的微生物主要作用是作为分解者，能够分解掉鱼儿或者是虾类生物等产生的代谢产物，这样才能维持相对的平衡。所以一旦水中的菌类微生物种群数量减少，鱼池中的有机物不能够及时的被分解，水体富营养化，水藻就会大量的滋生，严重的就会发生水华现象。最后会导致藻类大量死亡，水体缺氧，大量鱼类也会随着死亡，由此也可以形成一个恶性循环。

所以鱼池水处理的办法主要是解决藻类和菌类微生物的种群平衡。鱼池中藻类的数量主要和温度、光照等因素有关，这些因素比较难以控制，可以通过投放益生菌的方法来保证菌类的种群数量。由于水体中的营养物质是有限的，藻类和菌类会互相争夺养分，这样也会互相抑制生长，不会造成过度繁殖，也保证了鱼池这个生态系统的动态平衡。

鱼池过滤池中的生化过滤材料，可以为硝化细菌提供生长环境，硝化细菌作为生态系统中的分解者，它的主要作用是分解一些排泄物中的有机物质。鱼缸中的鱼正常的新陈代新，排泄物中是含有氨的，或者剩余的食物残渣所产生的。氨的存在会对鱼池中鱼、虾、水草或者是珊瑚类等构成伤害。如果氨的浓度过高，甚至会引起鱼池中的生物中毒死亡。硝化细菌是一种自养型的生物，能够通过化能合成作用产生有机物。主要是通过硝化作用将氨转化成具有毒性的亚硝酸盐，再将亚硝酸盐转化成几乎没有毒性的硝酸盐，这样就能防止鱼类中毒。由此也可见，鱼池最先是培养硝化细菌，一段时间之后再放入鱼，刚开始放鱼也要尽量减少喂食。